Источник: «Первыми в мире геном ВИЧ на мини-секвенаторе расшифровали российские ученые» | http://vm.ru/news/428402.html | Полученную с помощью прибора информацию можно использовать для выявления вирусной устойчивости к лекарствам |
Российские ученые первые в мире расшифровали геном ВИЧ с помощью мини-секвенатора. Уникальность проведенного учеными Центрального НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора исследования заключается в том, что мини-секвенатор MinION еще ни разу не использовался для подобных задач.
- До сих пор никаких публикаций по секвенированию ВИЧ именно с помощью этого прибора не было. И мы решили заполнить этот пробел. Геном ВИЧ с помощью MinION от начала до конца можно прочесть за один раз, что делает секвенатор исключительно полезным инструментом для изучения вирусного разнообразия у пациентов, - приводит ТАСС слова Дмитрия Киреева - руководителя научной группы разработки новых методов диагностики ВИЧ-инфекции.
По словам ученого, ему и коллегам предстоит выяснить, сможет ли мини-секвенатор стать инструментом для решения важных государственных задач, среди которых, к примеру, быстрое и точное реагирование на вспышки инфекционных заболеваний.
До совершенного российскими учеными секвенирования (определения нуклеотидной последовательности ДНК) на мини-секвенаторе генетики во всем мире использовали прибор третьего поколения MinION 2015 года.
*****************
Источник: «Российские ученые расшифровали геном ВИЧ на мини-секвенаторе» | https://spid.center/posts/2065 |
Российские ученые впервые в мире расшифровали геном вируса иммунодефицита человека на мини-секвенаторе MinION. Об этом сообщает ТАСС, ссылаясь на главу научной группы разработки новых методов диагностики ВИЧ-инфекции Центрального НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора Дмитрия Киреева.
"До сих пор никаких публикаций по секвенированию ВИЧ именно с помощью этого прибора не было. И мы решили заполнить этот пробел. Геном ВИЧ с помощью MinION от начала до конца можно прочесть за один раз, что делает секвенатор исключительно полезным инструментом для изучения вирусного разнообразия у пациентов", заключил Киреев.
Теперь, по словам Киреева, информация с устройства может быть использована для оценки степени вирусной устойчивости к тем или иным лекарственным препаратам.
Также российским ученым предстоит выяснить, насколько точно работает новый прибор, сравнив результаты секвенирования международного стандарта ВИЧ и клинического образца.
"От результатов исследования будет зависеть, смогут ли эпидемиологи России пользоваться этим инструментом для решения важных государственных задач", - сообщил Киреев.
Ученый обратил внимание на то, что благодаря подобному прибору споры, связанные с установлением отцовства, можно будет решить в комфортных домашних условиях, а не тратить на это сотни тысяч рублей в спецклиниках.
"Взяли прибор, плюнули в пробирку и отсеквенировали себя. Это шаг вперед", констатирует российский ученый.
Руководитель научной группы разработки новых методов диагностики на основе технологий NGS ЦНИИЭ Камиль Хафизов сообщил, что секвенатор третьего поколения имеет ряд преимуществ перед своими предшественниками. Одна из особенностей нового секвенатора в том, что он компактный, помещается в ладони, похож на флешку, и стоит значительно дешевле секвенаторов второго поколения: немногим более 100 тыс. рублей против 15 млн рублей.
"Подготовка к секвенированию занимает один-два часа, само секвенирование длится шесть часов, и в результате вы получаете данные прямо на экране компьютера. Причем можно делать это дома, в лаборатории, в поле с ноутбуком", сказал Хафизов. |
Компания Oxford Nanopore представила новую версию ДНК-анализатора MinION. Его размеры составляют всего десять сантиметров в длину, а потребляемая мощность не превышает двух с половиной ватт, что позволяет прибору получать питание от порта USB.
В 1989 году биофизик Дэвид Димер (David Deamer) сделал эскиз концептуально новой методики для расшифровки ДНК, которая опередила своё время. Буквально на следующий год после изобретения Димера начался самый грандиозный проект современной генетики, в котором использовались совсем иные подходы. Международная программа «Геном человека» заняла тринадцати лет. Для её реализации шесть стран потратили свыше $3 млрд.
Только спустя двадцать три года после зарисовки идеи компания Oxford Nanopore смогла воплотить её в виде портативного прибора MinION. При всех очевидных плюсах его точность не превышала 80%, что не позволяло использовать устройство в клинической практике без многократных перепроверок.
Читайте далее на http://www.computerra.ru/106942/minion-portable-dna-analyzer/
|
